Σύμφωνα με ανακοίνωση του υπουργείου Παιδείας, σκοπός του ιδρύματος είναι, σε πρώτη φάση, η χρηματοδότηση ερευνητικών προγραμμάτων και η χορήγηση υποτροφιών στο πλαίσιο της εθνικής πολιτικής για την υποστήριξη της Έρευνας και Καινοτομίας που διεξάγονται στη χώρα. Δικαιούχοι των χρηματοδοτήσεων θα είναι οι δημόσιοι ακαδημαϊκοί, ερευνητικοί και τεχνολογικοί φορείς της χώρας. 

Το ΕΛΙΔΕΚ ιδρύεται από την ελληνική κυβέρνηση και βασίζεται για το διάστημα 2016-2020, σε κεφάλαια συνολικού ύψους 240 εκατ. ευρώ,  εκ των οποίων, τα 180 εκατ. ευρώ προέρχονται από χρηματοδότηση της Ευρωπαϊκής Τράπεζας Επενδύσεων (ΕΤΕπ) με ιδιαίτερα ευνοϊκούς όρους, και τα 60 εκατ. ευρώ από το ΠΔΕ. 

Το Ίδρυμα θα διαθέτει διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια και θα εποπτεύεται από τον αρμόδιο για ζητήματα έρευνας και καινοτομίας Αναπληρωτή Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. 

Κατά τα πρότυπα άλλων εθνικών οργανισμών χρηματοδότησης της έρευνας, η δομή του ΕΛΙΔΕΚ θα είναι ανεξάρτητη από αυτές των Υπουργείων και θα ορίζεται από τους εν δυνάμει δικαιούχους του, δηλαδή τα ΑΕΙ και τα Ερευνητικά Κέντρα, χωρίς παρεμβάσεις ή άνωθεν επιβαλλόμενες επιλογές. Ειδικότερα, η ακαδημαϊκή και ερευνητική κοινότητα της χώρας  θα εκλέγει τα μέλη της Γενικής Συνέλευσης του ΕΛΙΔΕΚ, από την οποία θα προκύπτει το Επιστημονικό Συμβούλιο και, εν συνεχεία, ο Διευθυντής του.  Η  στελέχωση και λειτουργία του ΕΛΙΔΕΚ δεν θα  επιφέρει  πρόσθετο δημοσιονομικό  κόστος καθώς η σχετική δαπάνη θα καλυφθεί από τον προϋπολογισμό του ιδίου του Ιδρύματος. Γενικότερα σχεδιάζεται να αποτελέσει μια δομή της οποίας το προσωπικό θα περιορίζεται στο απολύτως αναγκαίο με γνώμονα την ελαχιστοποίηση των βαρών του κρατικού προϋπολογισμού.

Η οικονομική λειτουργία του Ιδρύματος και η εκ μέρους του χρηματοδότηση των ερευνητικών προγραμμάτων θα πραγματοποιείται με βάση τις αρχές της εξαιρετικής ακαδημαϊκής επίδοσης, της διαφάνειας, της αξιοκρατίας και της χρηστής οικονομικής διαχείρισης. Οι κανόνες χρηματοδότησης από το ΕΛΙΔΕΚ θα είναι απλοί και προσαρμοσμένοι στη δυναμική που διέπει την Έρευνα, απαλλαγμένοι από γραφειοκρατικές διαδικασίες, και με γνώμονα τη διασφάλιση του δημοσίου συμφέροντος.

Η πρώτη εκταμίευση ύψους 18 εκατ. ευρώ αναμένεται να πραγματοποιηθεί άμεσα και θα κατευθυνθεί αποκλειστικά στις παρακάτω Δράσεις στήριξης νέων επιστημόνων και  ερευνητών:

1. Υποτροφίες ΕΛΙΔΕΚ - υπουργείου Παιδείας για υποψήφιους διδάκτορες. Η υποτροφία σχεδιάζεται να ανέρχεται στο ποσό των 900 ευρώ/μήνα με διάρκεια έως τρία έτη. Οι συνολικά ωφελούμενοι από τη δράση αυτή, υπολογίζεται να είναι τουλάχιστον 265 υποψήφιοι διδάκτορες.

2. Ερευνητικά Προγράμματα ΕΛΙΔΕΚ - υπουργείου Παιδείας, διάρκειας από δύο έως 3 τρία έτη. Ο μέγιστος προϋπολογισμός για κάθε έργο σχεδιάζεται να είναι 200 χιλ. ευρώ ανά έργο από  τα οποία 60%  (κατ΄ελάχιστο) θα διατεθεί για τη μισθοδοσία νέων επιστημόνων. Οι επιστημονικοί υπεύθυνοι των έργων αυτών θα είναι αποκλειστικά μεταδιδάκτορες, σύμφωνα με τον νόμο για την Έρευνα (ν. 4386/2016). Ωφελούμενοι της παραπάνω δράσης είναι νέοι επιστήμονες (πτυχιούχοι, τεχνικοί, μεταπτυχιακοί, υποψήφιοι διδάκτορες, μεταδιδάκτορες). Συνολικά θα υποστηριχτούν στη φάση αυτή τουλάχιστον 45 έργα που προβλέπεται να απασχολήσουν τουλάχιστον  180 άτομα.

Αμέσως μετά την επικείμενη ψήφιση του νομοσχεδίου για τη σύσταση του ΕΛΙΔΕΚ, που έχει ήδη κατατεθεί στη Βουλή, θα προκηρυχθεί και η  παρακάτω δράση: Ερευνητικά Προγράμματα ΕΛΙΔΕΚ - υπουργείου Παιδείας. Πρόκειται για ερευνητικά έργα με δικαιούχους μέλη ΔΕΠ και ερευνητές. Τα έργα αυτά θα προκηρυχθούν μετά την σύσταση του ΕΛΙΔΕΚ και θα αποτελέσουν την τρίτη άμεση δράση που θα προκηρύξει το Ίδρυμα μέσα στο 2016. Επιστημονικοί υπεύθυνοι των έργων αυτών θα είναι μέλη ΔΕΠ και Ερευνητές Α’,  Β’ και Γ’ βαθμίδας. Ο μέγιστος προϋπολογισμός των έργων σχεδιάζεται να είναι της τάξης των 250 χιλ. ευρώ  ανά έργο.

Οι δράσεις που θα υποστηρίξει το ΕΛΙΔΕΚ και οι τρόποι υλοποίησής τους με κεντρικό άξονα την επιδίωξη της επιστημονικής ποιότητας και της αριστείας, αναμένεται να τονώσουν και να αναδείξουν τις δυνατότητες του επιστημονικού δυναμικού της χώρας, λειτουργώντας ως πόλος έλξης νέων επιστημόνων στη χώρα. 

Μόνο από τις δράσεις του ΕΛΙΔΕΚ αναμένεται να υποστηριχθούν, κατά την επόμενη τριετία, περισσότεροι από 4.000 επιστήμονες για τη διεξαγωγή ερευνητικού έργου υψηλής ποιότητας με αξιοπρεπείς συνθήκες εργασίας.

Όπως τόνισε ο αναπληρωτής υπουργός Έρευνας Κ. Φωτάκης, υπάρχει άμεση ανάγκη λήψης μέτρων προς την κατεύθυνση αυτή με διαδικασίες κατεπείγοντος. Για τον λόγο αυτό οι πρώτες δύο δράσεις σχεδιάζεται να προκηρυχθούν πριν το τέλος Οκτωβρίου του 2016 ενώ σε τακτά χρονικά διαστήματα θα ακολουθήσουν αντίστοιχες  δράσεις τις οποίες θα  καθορίσει το Επιστημονικό Συμβούλιο του ΕΛΙΔΕΚ. «Η σύσταση του ΕΛΙΔΕΚ αναμένεται, ως πρόσθετη πηγή χρηματοδότησης ερευνητικών προγραμμάτων, συμπληρωματική του νέου ΕΣΠΑ, να επιτρέψει την αναζωογόνηση της Έρευνας στα Ερευνητικά Κέντρα, τα Ακαδημαϊκά Ιδρύματα και τις καινοτόμες επιχειρήσεις, να αποτελέσει το υπόστρωμα για την λειτουργία του ενιαίου χώρου Έρευνας-Παιδείας, να συμβάλλει στον μετασχηματισμό της ελληνικής οικονομίας και να συνεισφέρει ουσιαστικά στην παραγωγική ανασυγκρότηση της χώρας».