Την ίδρυση ΒΆ Γαστρεντερολογικής Κλινικής στον Τομέα Παθολογίας του Τμήματος Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΕΚΠΑ), προβλέπει απόφαση της Συγκλήτου του Ιδρύματος, με την οποία καθορίζεται και ο εσωτερικός κανονισμός λειτουργίας της.
Ειδικότερα, στα γνωστικά αντικείμενα της Κλινικής περιλαμβάνονται:
α) Η μελέτη, η διάγνωση και η αντιμετώπιση ιατρικών προβλημάτων από τον οισοφάγο, το στόμαχο, το λεπτό και παχύ έντερο, το ήπαρ, τα χοληφόρα και το πάγκρεας.
β) Η μελέτη και η αντιμετώπιση ιατρικών προβλημάτων από εξωεντερικές εκδηλώσεις των νοσημάτων που προσβάλλουν τα όργανα του πεπτικού συστήματος.
γ) Η μελέτη και αντιμετώπιση ιατρικών προβλημάτων από διαταραχές της θρέψης.
δ) Όλο το φάσμα των διαγνωστικών και θεραπευτικών ενδοσκοπήσεων του πεπτικού συστήματος.
Στην Κλινική οργανώνονται και λειτουργούν οι ακόλουθες ειδικές μονάδες:
α. Μονάδα Εξωτερικών Ιατρείων, Τακτικών και Επειγόντων.
β. Μονάδα Ημερήσιας Νοσηλείας.
γ. Μονάδα Ενδοσκοπήσεων Πεπτικού Συστήματος.
δ. Μονάδα Υπερηχοτομογραφίας - Ενδοσκοπικής Υπερηχοτομογραφίας.
ε. Μονάδα Μελέτης Κινητικότητας Πεπτικού.
στ. Μονάδα παθήσεων Ήπατος.
ζ. Μονάδα παθήσεων Χοληφόρων - Παγκρέατος.
η. Μονάδα Ιδιοπαθών Νοσημάτων του Εντέρου.
θ. Μονάδα Λειτουργικών Παθήσεων του Πεπτικού Συστήματος.
ι. Μονάδα Διαταραχών της Θρέψης.
ια. Μονάδα Ενδοκρινολογικών παθήσεων του πεπτικού συστήματος.
ιβ. Μονάδα Ογκολογίας του Πεπτικού Συστήματος και
Μονάδα Πρόληψης Καρκίνων του Πεπτικού Συστήματος.
ιγ. Μονάδα Ανοσολογίας του Πεπτικού Συστήματος
ιδ. Μονάδα Μοριακής Βιολογίας.
ιε. Μονάδα Κλινικής Έρευνας και Κλινικών Μελετών
ιστ. Πειραματικό Εργαστήριο.
ιζ. Μονάδα Μεταμόσχευσης Ήπατος και Προμεταμοσχευτικού Ελέγχου.
ιη. Μονάδα Ενδοσκόπησης και Ελάχιστα Επεμβατικής Χειρουργικής, σε συνεργασία με τις Χειρουργικές Κλινικές του Νοσοκομείου, όπου λειτουργεί η ΒΆ Γαστρεντερολογική Κλινική.
Η ΒΆ Γαστρεντερολογική Κλινική κατανέμεται στον Παθολογικό τομέα.