Την διαδικασία και τους λόγους απαλλαγής από την υποχρεωτικότητα του εμβολιασμού περιγράφει απόφαση του υπουργείου Υγείας. 

Σύμφωνα με την απόφαση, στις εξαιρέσεις εμβολιασμού υπάγονται φυσικά πρόσωπα: α) Που εμφάνισαν σοβαρή αλλεργική αντίδραση (π.χ. αναφυλαξία) μετά τη χορήγηση προηγούμενης δόσης του εμβολίου. β) Με διαγνωσμένη αλλεργία (με in vivo δερματικές ή in vitro δοκιμασίες διέγερσης βασεοφίλων) σε συστατικό του εμβολίο, γ) που εμφάνισαν σύνδρομο θρόμβωσης με θρομβοπενία (Thrombosis with Thrombocytopenia Syndrome -TTS) μετά την πρώτη δόση των εμβολίων Astra Zeneca και Janssen / Johnson & Johnson, δ) Με ιστορικό θρομβοπενίας οφειλόμενης στην ηπαρίνη (heparininduced thrombocytopenia), ή με ιστορικό αντιφωσφολιπιδικού συνδρόμου (antiphospholipid syndrome-APS), ή με σύνδρομο διαφυγής τριχοειδών (capillary leak syndrome). ε) Με ιστορικό μυοκαρδίτιδας πριν από τον εμβολιασμό και στ) Με διάγνωση περικαρδίτιδας ή μυοκαρδίτιδας μετά την 1η δόση mRNA εμβολίου και δ) .

Δεν αποτελούν αντένδειξη για εμβολιασμό γνωστές αλλεργίες σε: φάρμακα (πλην εμβολίων COVID-19 και συστατικών τους), τρόφιμα, νυγμούς εντόμων, περιβαλλοντικά (αερομεταφερόμενα) αλλεργιογόνα, όπως γύρεις, ακάρεα, μύκητες, επιθήλια ζώων, φυσικό λάστιχο (latex), ενδοφλέβιες σκιαγραφικές ουσίες εκτός του από του στόματος σκιαγραφικού προϊόντος gastrografin που περιέχει Polysorbate 80, επαφή ουσιών με το δέρμα (π.χ. δερματίτιδα εξ επαφής σε καλλυντικά, βαφές μαλλιών, νικέλιο).

Η απόφαση δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, τεύχος Β' αρ. 3794|2021.